院行政管理：主要负责院日常行政事务、教学科研及相关管理工作。
院长： 赵强
副院长：师艳秋
办公室主任：刘开伟
教学秘书： 张兆和
科研秘书： 杜昕昕
院高新区大学园负责人：贾春旺
教学机构：主要负责各专业理论教学、实践教学。
1.教研室
生物工程教研室 教研室主任：赵强
食品科学与工程教研室 教研室主任：李湘利
酿酒工程教研室 教研室主任：韩小龙
生物制药教研室 教研室主任：师艳秋
2.实验室（中心）
生命科学实验中心 主任：王晓强
科研机构：
1.山东省高校靶向抗肿瘤药物工程研究中心
2.山东省高等学校服务黄河流域生态保护和高质量发展阿胶产业绿色技术协同创新中心
3.济宁市生物能源工程技术研究中心
4.济宁市特色农产品高值化加工工程技术研究中心
5.济宁市生物质资源开发与高值化利用重点实验室
6.济宁学院靶向药物研究院
