学院现有生物工程、食品科学与工程、酿酒工程、生物制药、食品营养与健康、合成生物学、生物信息学等7个本科专业，食品生物技术、药品生物技术2个专科专业。
1. 生物工程专业（本科，四年学制，工学学士）
专业优势：专业办学始于2007年，是济宁学院首批工科专业，省一流本科专业。2013年入选山东省卓越工程师教育培养计划，2017年获山东省高水平应用型专业群（生物工程类）建设立项，2023年生物工程类教师团队入选第三批“山东省高校黄大年式教师团队”。
核心课程：生物化学、微生物学、细胞生物学、分子生物学、基因工程、酶工程、发酵工程、发酵工程实验、生物分离工程、生物工程设备、生物反应工程、生物工程工厂设计、生物大分子分离提取与鉴定综合实验、基因工程与酶工程综合实验、生物工程综合实验。
专业前景及就业方向：生物工程专业以培育“厚基础、强能力、重应用、高素质”的应用型创新人才为核心目标，贴合区域生物发酵、生物合成产业的用人需求，重点培养理论功底扎实、实践操作娴熟，兼具创新思维与团队协作能力的高素质技术应用型人才。毕业生就业可面向生物发酵、生物合成领域，从事工程生产设计、技术研发服务、科学研究应用、生产统筹管理等岗位工作。也可攻读相关专业研究生继续深造。
2. 食品科学与工程专业（本科，四年学制，工学学士）
专业优势：山东省一流本科专业，培养掌握食品科学与工程方面的基础知识，运用所学知识和专业技能解决实际问题的能力，能够在食品科学与工程特别是农产品加工、贮藏、流通、监管等领域，从事食品或相关产品的技术开发、工程设计、生产管理、品质控制、检验检疫、产品销售、科学研究等工作的高素质应用型人才。
核心课程：生物化学、微生物学、食品化学、食品工程原理、食品工艺学概论、食品分析、食品机械与设备、食品营养学、食品工厂设计、食品安全与卫生学。
专业前景及就业方向：食品工业是永久的朝阳产业，对国民经济的拉动作用非常显著。当前，食品产业行业持续升级，专业人才需求稳定，职业发展空间广阔。毕业生可在食品相关领域从事食品生产、管理、检验、研发、设计等工作，可在工商、海关、质检等部门从事食品生产管理、检测、执法等工作，可在学校与科研机构从事教学、科研工作，也可在食品科学与工程、微生物与发酵工程、生物与医药、生命科学等相关领域读研深造。
3. 酿酒工程专业（本科，四年学制，工学学士）
专业优势：本专业行业认可度高，是山东省仅有的3所开设酿酒工程本科专业的高校之一，在2025年校友会中国大学酿酒工程专业（应用型）排名中位列全国第4，获评4★中国高水平应用型专业。专业拥有一流的实践教学条件，建有标准化酿酒实训中心，配备完整的白酒、中试啤酒、小型葡萄酒研发生产线，可完整模拟酒类发酵、蒸馏、酿造全流程，拥有高效液相色谱仪、气相色谱仪等高端分析检测设备，能充分满足学生实操训练和创新研发需求。专业升学就业双优，历年研究生平均录取率超40%，毕业生可考取江南大学、山东大学等国内知名院校；行业人才缺口巨大，毕业生多进入茅台、五粮液、张裕等国内大中型酿酒企业就业，部分已成长为企业中层管理骨干。此外，面向在校学生开展酿酒师培训与认定，实现“课证融通”，进一步提升学生的就业竞争力。
核心课程：白酒工艺学、啤酒工艺学、葡萄酒工艺学、黄酒工艺学、酿酒微生物学、发酵工程、酿酒分析、食品化学、食品微生物检验、酒体设计、感官评定、酿酒生产管理
专业前景及就业方向：酿酒产业是我国轻工行业支柱产业，全国规模以上酒企近2000家，年销售收入超万亿元，山东省作为酒业大省，对专业技术人才需求尤为迫切。毕业生可在白酒、啤酒、葡萄酒、黄酒等酒类生产企业及相关食品生物制造领域，从事生产管理、质量检验、工艺研发、工程设计、市场营销等工作；也可报考生物工程、发酵工程等相关专业研究生继续深造；还可通过职业技能认定成为专业酿酒师，自主创业开展精酿啤酒、特色果酒等产品研发与生产。
4. 生物制药专业（本科，四年学制，工学学士）
专业优势：本专业立足生物与医药产业需求，融合了生物学、化学、药学和工程学等多个学科，注重培养学生的数字素养和运用现代信息技术（如数据分析、人工智能等）解决工程问题的能力。课程体系突出创新能力、团队协作、国际视野和终身学习，毕业生能够在药品研发、生产、管理、检验等多个环节中胜任工作，具备良好的职业素养和社会责任感。也可攻读相关专业研究生继续深造。
核心课程：免疫学、生物化学、微生物学、基因工程、发酵工程、制药原理与设备、药理学、生物药物分析、药剂学、药学基础实验、生物制药工艺学、生物技术制药、药学综合实验、药事管理与法规
专业前景及就业方向：随着生物医药产业的快速发展，特别是在天然药物、生物药剂、精准医疗、数字化制药等领域的兴起，生物制药专业人才需求旺盛，是一个前景广阔、技术含量高、社会需求大的应用型专业，适合对医药健康、生命科学、工程技术有兴趣的学生选择。毕业生可在药品研发与生产、工艺设计与设备管理、药品质量分析与检验、药品管理与法规事务、医药销售与市场推广等领域就业。继续深造攻读硕士、博士，进入高校或科研院所从事教学和科研工作。
5. 食品营养与健康专业（本科，四年学制，工学学士）
专业优势：食品营养与健康是紧跟国家“健康中国”战略设立的新兴交叉专业，融合了食品科学、营养学、医学和生物科学多个领域的知识，贴合当下大健康产业和食品产业转型的迫切需求，人才缺口大，就业前景广阔。目前该专业师资力量强，博士占比高，大部分老师有行业实践经验；同时配套了充足的科研平台和校企实训基地，实践教学占比高。
核心（特色）课程：解剖生理学、营养生物化学与分子生物学、食品工艺学概论、微生物学、食品化学、免疫学、食品分析、食品营养学、食品毒理学、食品安全与卫生学、营养与代谢、营养与健康大数据管理。
专业前景及就业方向：在食品、保健品企业从事功能食品开发、营养成分检测、产品质量管控和营养科普宣传；在医院、健康管理机构、社区卫生中心从事营养咨询、健康管理、膳食指导；在市场监管、疾控中心、海关等单位从事食品安全监督、营养检测相关工作；在学校、企事业单位食堂从事膳食管理；深造后去科研院所、院校从事相关研究和教学工作。
6. 合成生物学（本科，四年学制，工学学士）
专业优势：合成生物学是一门融合生物学、工程学、化学、计算机科学及生物信息学等多领域知识的新兴交叉学科，致力于培养掌握基因线路设计、标准化元件构建、底盘细胞改造、生物制造工艺开发等核心技能的复合型创新人才。学生通过理论计算与实验操作的深度实践，系统掌握合成生物学的基础理论与前沿技术，提升工程化思维与解决复杂工程问题的能力。以“工程化思维、标准化设计”为核心理念，构建特色化人才培养体系，将合成生物技术的最新突破与生物制造产业的实际需求融入课程教学，实现人才培养与生命科技产业发展的精准对接。
核心课程：生物化学、合成生物学导论、人工智能与合成生物学、代谢工程与合成生物学、系统生物学、合成生物学技术及应用、基因工程、微生物学、发酵工程、酶工程、生物分离工程、细胞工程、工程制图、合成生物学综合实验、化工原理、合成生物学产业前沿等。
专业前景及就业去向：合成生物学专业是站在时代前沿的新工科特色专业，学生毕业后可以到生物制造企业、生物科技公司、医药企业、食品类企业、生物技术研究所等单位从事医药中间体、原料药、生物药、医美原料、食品添加剂、生物基单体、疫苗等功能产品的研发、质量控制与检测、生产工艺设计、技术管理等岗位；也可以在环保、能源等领域的科技公司从事环境修复、可再生能源等技术研究。同时也适于报考合成生物学、生物工程、生物与医药及相关专业的研究生，就业前景非常广阔。
7. 生物信息学（本科，四年学制，工学学士）
专业优势：生物信息学是生命科学、计算机科学与统计学深度融合的前沿交叉专业，突破传统学科局限。专业侧重培养生物大数据处理、基因数据分析等核心实操能力，课程兼顾理论深度与产业实用性。学生兼具理科科研素养与工科技术技能，综合竞争力突出，适配科研、产业多类发展赛道。
核心课程：测序技术概论、生物化学、分子生物学与基因工程、生物统计学、转录组学、基因组学、蛋白质组学、蛋白质结构与功能、代谢组学、宏基因组测序与应用、多组学联合分析、单细胞测序概述、AI辅助药物设计、基因检测与诊断
专业前景及就业方向：伴随精准医疗、基因测序诊断、生物医药产业蓬勃发展，国家大健康战略持续赋能，生物信息学行业人才缺口显著扩大，发展前景广阔。就业方向多元，可入职基因科技公司、药企从事测序解析、新药研发；可进入高校、科研院所、疾控中心开展科研与数据研究；也可跨界投身AI医疗、生物大数据领域。本专业深造优势明显，国内外交叉学科硕博升学渠道通畅，深耕前沿领域，职业上升空间充足。
8. 食品生物技术（专科，三年学制）
培养目标：本专业培养具有良好的思想道德修养和身心素质，较高的人文素养、科学素养和艺术素养，具备生物学、食品加工技术、食品安全检测等基本理论和技能，较强的专业技术技能和学习能力，适应食品与生物技术领域生产、建设、管理、服务等第一线需要的德、智、体、美全面发展的高素质高技能人才。
核心课程：生物化学、遗传学、微生物学、分子生物学、食品工艺学概论。
就业与发展方向：毕业生可在食品与生物技术领域的企事业单位从事生产管理、产品开发、分析检验、质量控制、贮藏运销等方面的工作，也可通过专升本到相关专业继续学习深造。
9. 药品生物技术（专科，三年学制）
培养目标：培养具备扎实的生物技术和制药方面专业知识、能力、素质，具有运用生物学和药学原理解决生物制药生产实际问题的实践能力，能在生物医药企业、药检和药事管理等相关部门从事生物医药产品的生产、质量管理与控制、工艺改造等方面工作，具有创新精神和实践能力的高素质应用型人才。
核心课程：基础化学、生物化学、植物学、动物学、遗传学、微生物学、分子生物学、药剂学、药理学。
就业与发展方向：毕业生可以在生化药品提取、发酵生产、酶制剂生产等初级岗位工作，也能适应生物药物设备维护、研发协助、中成药生产、化学药品、药品营销等岗位。也可通过专升本到相关专业继续学习深造。
