科研机构：主要组织教师科学研究、学术活动及学科平台建设等。
1. 神经退行性药物山东省工程研究中心
2. 皮肤与黏膜给药山东省工程研究中心
3. 山东省高校靶向抗肿瘤药物工程研究中心
4. 山东省高等学校服务黄河流域生态保护和高质量发展阿胶产业绿色技术协同创新中心
5. 济宁市生物能源工程技术研究中心
6. 济宁市特色农产品高值化加工工程技术研究中心
7. 生物质资源开发与高值化利用市级重点实验室
8. 济宁学院新能源研究院
9. 济宁学院资源开发与高值化利用工程中心
10. 济宁市生物氢烷气工程技术研究中心
11. 济宁市特色农产品高值化加工工程技术研究中心
12. 济宁市生物质资源开发与高值化利用重点实验室
